深圳拟兰立大功 中国科学家领国际团队解开兰花进化之谜

2017-09-14   

“深圳拟兰基因组与兰花的进化”重大科研成果新闻发布会在市民中心举行

 

深圳新闻网9月14日讯(记者 王巍 通讯员 崔嵩 刘国惠 黄慧霞 )兰花有近3万种,约占开花植物物种的10%,作为植物界种类最丰富的家族之一,它呈现出独特的花的形态,有一唇瓣,蕊柱,花粉块,种子尘状无胚乳,可在地上或树上、石上生长,从而成功地生活在地球几乎每一个栖息地,呈现出巨大的多样性。兰花其花的起源、进化和多样性的形成,被称为兰花进化之谜。一百多年来,全世界无数科学家不断致力于解开这一谜团,均未取得突破性进展。

近日,国家兰科中心刘仲健教授领衔比利时根特大学、台湾成功大学、中科院植物研究所、华南农业大学、日本埼玉大学、福建农林大学、清华大学等高校和科研院所组成的国际科研团队以深圳拟兰Apostasia shenzhenica为突破口,通过对深圳拟兰进行全基因组测序以及小兰屿蝴蝶兰Phalaenopsis equestris、铁皮石斛Dendrobium catenatum进行全基因组重测序,并结合其它兰科和非兰科植物的转录组及其基因功能分析,揭示了兰花的起源及其花部器官发育和生长习性以及多样性形成的分子机制和演化路径,成功解开了困扰人类一百多年的兰花进化之谜。研究成果以“The Apostasia genome and the evolution of orchids”为题于2017年9月13日登上了世界顶级科技期刊Nature《自然》。

深圳拟兰

 

9月14日,“深圳拟兰基因组与兰花的进化”重大科研成果新闻发布会在市民中心举行,向社会公众通报此次科研成果有关信息。国家林业局野生动植物保护与自然保护区管理司郭红燕处长,广东省林业厅野生动植物保护处调研员管千景,深圳市委常委、市政府党组成员刘庆生,深圳市国资委副主任胡朝阳,深圳市投资控股有限公司副总经理杨红宇,深圳市兰科植物保护研究中心主任刘仲健出席了发布会。本研究得到国家林业局、广东省林业厅、广东省科技厅、深圳市城管局(林业局)、深圳市人居环境委、深圳市科创委、深圳市财委、深圳市工贸信息委、深圳市国资委以及深圳市投资控股有限公司的支持。

据了解,兰科有5个亚科:拟兰亚科Apostasioideae、香荚兰亚科Vanilloideae、杓兰亚科Cypripedioideae、兰亚科Orchidoideae和树兰亚科Epidendroideae。很早之前,刘仲健科研团队就已注意拟兰属物种拥有几个独特的特征而有别于其它兰花:花不扭转,辐射对称,无唇瓣,雄蕊和雌蕊分生,花粉粒散生、没有聚集成块状;植株地生,具有发达的地下根。拟兰具有与仙茅相似的“原始”性状,被认为最接近于达尔文推测的“假兰”,是研究兰花进化的好材料,但取材非常困难。2011年,刘仲健科研团队在深圳市梧桐山上发现了一种拟兰新物种,以“深圳市”市名作为它的种加词命名为“深圳拟兰Apostasia shenzhenica Z. J. Liu & L. J. Chen”。深圳拟兰是一个自花授精的物种,它的发现为兰科植物进化研究提供了很好的实验材料。

研究团队在二代测序基础上,结合三代测序和相关数据对深圳拟兰、小兰屿蝴蝶兰和铁皮石斛进行基因组组装,使测序对象的基因组组装质量更高。研究团队还对兰科5个亚科的代表性物种进行取样,从而获取大量转录组数据用于基因功能分析和验证。研究还发现所有现存兰花的祖先曾在6600万年前的第三次生物大灭绝事件前发生了一次全基因组复制(即基因组加倍,WGD)事件,由此开启了现生兰花的起源。全基因组复制事件后使兰花的祖先多了一套基因,成功躲过了此次大灭绝。生物大灭绝后地球生态系统遭到严重破坏,但兰花随即通过基因的扩张和收缩致使基因组出现了分化而形成了5个亚科,产生更多的多样性而迅速适应了新的生态系统。因此所有现存于地球上的兰花都是恐龙灭绝时期幸存的兰花后代。

研究团队通过基因组比较,发现兰花有474个特有基因家族,因此得以重建一个兰花祖先的基因工具包和基因池,并可从中窥视兰花新的基因家族及其扩张和收缩的进化历史,从而揭示了兰花相关性状和习性进化的分子机制。深圳拟兰有36个MADS-box功能基因,它们调控兰花的花部器官发育。研究发现,拟兰的花没有唇瓣和完整的蕊柱是由于B-AP3和E类基因丢失所造成的。而兰花的祖先通过WGD后,复制了B-AP3基因调控花瓣唇瓣化,使兰花呈现出两侧对称,形成了特异性传粉机制,促进了兰花新物种产生和多样性形成,这也是两侧对称兰花种类比辐射对称种类多的原因。这一发现颠覆了人们对兰花的进化是由辐射对称向两侧对称演化的认知,修正了达尔文关于兰花演化的假说。

此研究在世界上首次完整重建了兰花进化的基因工具包和演化路线图,揭示了兰花花部器官发育的分子机制,更正了人们对兰花进化的传统认知,填补了植物学研究的多个空白,为植物进化生物学研究提供了数据基础和重要借鉴,为兰科植物形态特征的功能研究提供重要的理论依据和指导。同时,兰花全基因组序列也将为兰花遗传工程育种研究提供重要资源和基础,对于促进兰科植物保护,药用资源开发、品种创新具有重大意义。

郭红燕在发布会上代表国家林业局祝贺兰科中心取得的具有世界影响力的科研成果,并表示兰科植物是国家重要的种质资源。联合国自然与自然资源联盟联合各国将世界上所有的兰科植物列入《国际贸易公约》物种保护名录进行重点保护。中国政府历来十分重视兰科物种的保护工作,国家林业局将兰科植物作为全国野生动植物保护与自然保护区建设功能规划15个优先物种进行保护,深圳市政府及有关部门高度重视兰科植物保护工作,并大力支持深圳市兰科植物种质资源保护中心开展兰科植物的保护研究工作,在各方面为兰科植物保护研究提供有力保障,该中心在兰科植物保护研究方面做了大量卓有成效的工作,取得了大量丰硕的科研成果,有些科研项目成果不仅在国内,而且在国际上都产生了重大的影响。最后,她希望兰科植物在深圳得到更好的保护和研究,同时也希望植物学家们继续努力,为我国的濒危物种研究工作作出更大的贡献。

刘庆生在发布会上表示,兰科中心领衔国内外多家科研院所和高校,以“深圳拟兰”为突破口,成功解开了兰花进化之谜,取得了突破性成果。研究更正了人们对兰花进化的传统认知,填补了植物学研究的多个空白,为植物保护和进化生物学研究提供了科学数据和重要借鉴。成果对于促进兰科植物保护、推动我市植物学科学发展具有重要意义,也可以说这是深圳对世界植物学作出新的重大贡献。

相关链接:

Zhang, G. Q, Liu, Z. J. The Apostasia genome and the evolution of orchids. Nature, DOI 10.1038/nature23897.(2017). http://dx.doi.org/10.1038/nature23897

 

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